El cambio "not provided" sólo afecta las estadísticas de tu propio sitio web en Google Analytics (que es el tráfico que ya estás recibiendo de Google). 

En SECockpit realizamos búsquedas de palabras clave. El volumen de los datos nos proviene directamente de Google Adwords. El “not provided” de Google no afecta de ninguna manera esos datos. Todos los datos que recibes de SECockpit son precisos.